蚕食性角膜溃疡手术存在一定风险，主要包括感染、角膜穿孔、术后复发等。手术方式需根据溃疡深度和范围选择板层角膜移植或穿透性角膜移植。蚕食性角膜溃疡手术中可能发生术中角膜穿孔，多因溃疡基底过薄或操作不慎导致。术后早期可能出现植片水肿、层间积液，需密切观察前房深度和眼压变化。感染风险贯穿围手术期全过程，尤其真菌性溃疡患者更易发生术后感染扩散。部分患者术后出现免疫排斥反应，表现为植片混浊、新生血管长入。手术效果不理想时可能需二次手术干预，多次手术会增加角膜瘢痕形成概率。
特殊情况下可能发生更严重并发症。长期使用免疫抑制剂的患者术后易发生植片溶解，需加强抗排斥治疗。合并干眼症患者术后可能出现持续性上皮缺损，严重者可导致植片溃疡。角膜缘干细胞缺乏者术后复发率明显增高，可能需要联合干细胞移植。全身结缔组织病患者手术预后较差，存在伤口愈合延迟风险。极少数患者术后可能发生眼内炎等严重感染，需紧急处理。
术后需严格遵医嘱使用抗生素滴眼液和免疫抑制剂，定期复查角膜地形图和内皮细胞计数。避免揉眼和剧烈运动，外出佩戴防护眼镜。保持眼部清洁，出现眼红、视力下降等异常及时就诊。饮食注意补充维生素A和优质蛋白，有助于角膜修复。
